Zgodnie z Narodowym Planem Rozwoju dla Polski na lata 2004 - 2006 Urzędy Wojewódzkie odgrywają istotną rolę w systemie wdrażania Zintegrowanego Programu Operacyjnego Rozwoju Regionalnego poprzez który dystrybuowane jest 39 proc. środków Funduszy Strukturalnych zaplanowanych na lata 2004-2006 (w przypadku Województwa Pomorskiego do podziału jest ponad 160 mln euro). Urzędy Wojewódzkie pełnią funkcję Instytucji Pośredniczących w zarządzaniu programem w województwie w imieniu Ministra Rozwoju Regionalnego, a swoją funkcję realizują w ścisłej współpracy z Urzędami Marszałkowskimi.
Czynności wynikające z zadań Wojewody Pomorskiego, jako Instytucji Pośredniczącej
w zarządzaniu Zintegrowanym Programem Operacyjnym Rozwoju Regionalnego (ZPORR):
a) prowadzenie bieżącego monitoringu realizacji projektów w województwie pomorskim;
b) sporządzanie raportów z wdrażania komponentu wojewódzkiego Zintegrowanego Programu Operacyjnego Rozwoju Regionalnego;
c) obsługiwanie informatycznego systemu monitorowania (SIMIK);
d) przygotowywanie prognozy wydatków w komponencie wojewódzkim Zintegrowanego Programu Operacyjnego Rozwoju Regionalnego;
e) pełnienie funkcji sekretariatu Podkomitetu Monitorującego komponent Zintegrowanego Programu Operacyjnego Rozwoju Regionalnego;
f) weryfikacja dokumentów finansowych przedłożonych przez beneficjentów końcowych oraz potwierdzenie kwalifikowalności wydatków;
g) autoryzowanie zestawienie wydatków w komponencie wojewódzkim Zintegrowanego Programu Operacyjnego Rozwoju Regionalnego;
h) przygotowywanie i przekładanie do podpisu Wojewodzie umów na finansowanie projektów;
i) nadzorowanie operacji finansowych w ramach projektów;
j) przeprowadzanie wizytacji projektów na miejscu;
k) współpraca z Urzędem Marszałkowskim województwa pomorskiego oraz innymi instytucjami zaangażowanymi we wdrażanie Zintegrowanego Programu Operacyjnego Rozwoju Regionalnego w zakresie informacji i promocji.
Bezpośrednio w obsługę ZPORR zaangażowane są trzy oddziały działające w ramach WZFE. Część zadań związanych z obsługą funduszy strukturalnych znajduje się w Wydziale Finansów i Budżetu Pomorskiego Urzędu Wojewódzkiego.
Zintegrowany Program Operacyjny Rozwoju Regionalnego jest elementem Narodowego Planu Rozwoju, określającego strategię społeczno-gospodarczą Polski w latach 2004-2006. Plan ten realizowany będzie poprzez Podstawy Wsparcia Wspólnoty oraz wynikające z tego dokumentu programy operacyjne (pięć sektorowych programów operacyjnych, Zintegrowany Program Operacyjny Rozwoju Regionalnego) i projekty Funduszu Spójności.
Celem Zintegrowanego Programu Operacyjnego Rozwoju Regionalnego jest tworzenie warunków wzrostu konkurencyjności regionów oraz przeciwdziałanie marginalizacji w taki sposób, aby sprzyjać długofalowemu rozwojowi gospodarczemu kraju, jego spójności ekonomicznej, społecznej i terytorialnej oraz integracji z Unią Europejską. Cel programu zostanie osiągnięty poprzez koncentrację środków krajowych i towarzyszącego im współfinansowania ze strony funduszy strukturalnych.