W latach 2007-2013 współpraca w wymiarze transgranicznym, transnarodowym i międzyregionalnym będzie realizowana w ramach odrębnego celu polityki spójności Unii Europejskiej – Cel Europejska Współpraca Terytorialna (EWT).

Wyodrębnienie współpracy terytorialnej jako osobnego celu polityki spójności potwierdza duże znaczenie wspólnych przedsięwzięć podejmowanych przez partnerów unijnych. O rosnącym znaczeniu tego typu współpracy świadczy również zwiększenie wysokości środków z Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego. W latach 2007-2013 na rozwój współpracy terytorialnej z budżetu Unii Europejskiej przeznaczonych zostanie łącznie 7,75 mld euro.  Polska alokacja na realizację programów w ramach Europejskiej Współpracy Terytorialnej wyniesie 557,8 mln euro. Dodatkowe 173,3 mln euro zostanie przeznaczonych przez Polskę na współpracę transgraniczną z państwami nie należącymi do Unii Europejskiej w ramach Europejskiego Instrumentu Sąsiedztwa i Partnerstwa (EISP).

Programy Europejskiej Współpracy Terytorialnej (European Territorial Cooperation) oraz Europejskiego Instrumentu Sąsiedztwa i Partnerstwa (European Neighbourhood and Partnership Instrument) zastąpią przedsięwzięcia realizowane w ramach Inicjatywy Wspólnotowej INTERREG III 2004-2006.

Komponentom  INTERREG-u III będą odpowiadały trzy typy programów Europejskiej Współpracy Terytorialnej:
      • programy współpracy transgranicznej (zastąpią INTERREG III A)
      • programy współpracy transnarodowej (zastąpią INTERREG III B) 
      • programy współpracy międzyregionalnej – INTERREG IV C (zastąpią INTERREG III C)
Programy operacyjne Europejskiej Współpracy Terytorialnej w ramach poszczególnych komponentów będą wdrażane zgodnie z jednolitymi zasadami, wynikającymi z doświadczeń zdobytych w trakcie realizacji programów Inicjatywy Wspólnotowej INTERREG III. Wprowadzenie jednolitych zasad wdrażania przyczyni się do ułatwienia zarządzania samymi programami oraz wspólnymi, międzynarodowymi projektami finansowanymi ze środków EFRR w ramach celu Europejska Współpraca Terytorialna.

Zasady te będą polegały głównie na:

      • utworzeniu wspólnych Instytucji Zarządzających, Certyfikujących i Audytowych,
      • obowiązkowym udziale w projekcie co najmniej dwóch partnerów z różnych krajów,
      • stosowaniu „zasady partnera wiodącego” w realizacji projektów,
      • utworzeniu wspólnego budżetu i jednego konta bankowego dla programu,
      • utworzeniu międzynarodowych Wspólnych Sekretariatów Technicznych wspierających     Instytucje Zarządzające we wdrażaniu programów. 

Współpraca transgraniczna
 
Pierwszą grupę programów operacyjnych współpracy terytorialnej będą tworzyły programy współpracy transgranicznej, które będą wdrażane w regionach na  poziomie NUTS III, usytuowanych wzdłuż wewnętrznych i niektórych zewnętrznych granic lądowych Unii Europejskiej oraz w obszarach nadmorskich oddzielonych od siebie maksymalnie o 150 km.

W Polsce współpracą transgraniczną objęte zostaną podregiony, których granice stanowią granicę państwową. Nowością, w porównaniu do okresu programowego 2004-2006, będzie możliwość objęcia programem  współpracy transgranicznej podregionów usytuowanych wzdłuż wybrzeża Morza Bałtyckiego.

Projekty finansowane w ramach programów transgranicznych powinny sprzyjać budowie wzajemnych powiązań „ponad granicami” pomiędzy samorządami lokalnymi, instytucjami edukacyjnymi, organizacjami pozarządowymi czy też instytucjami kulturalnymi. Każdy projekt musi również wykazywać znaczący „wpływ transgraniczny”.

Głównym celem tego typu programów jest promowanie współpracy i bezpośrednich kontaktów wspierających  rozwój gospodarczy i społeczny oraz ochronę środowiska w obszarach przygranicznych, charakteryzujących się zwykle niższym poziomem rozwoju w porównaniu do średniej krajowej.

Wspólne, transgraniczne działania dotyczyć będą m.in. następujących zagadnień:

• wspieranie przedsiębiorczości, rozwój małych i średnich przedsiębiorstw, turystyki, kultury oraz handlu transgranicznego,
• ochrona dóbr naturalnych i dóbr kultury, zapobieganie zagrożeniom naturalnym i technologicznym,
• wspieranie powiązań między obszarami miejskimi i wiejskimi,
• poprawa dostępu do sieci transportowych, informacyjnych i komunikacyjnych,
• gospodarka wodna, gospodarowanie odpadami oraz systemy energetyczne,
• rozwój i wspólne wykorzystanie infrastruktury, w szczególności w takich dziedzinach jak ochrona zdrowia, kultura i edukacja,
• współpraca administracyjna oraz integracja społeczności lokalnych poprzez realizację wspólnych działań dotyczących rynku pracy, promocji równouprawnienia (w tym równouprawnienia kobiet i mężczyzn), rozwoju zasobów ludzkich oraz wspierania sektora badawczo-rozwojowego.

W wyniku dotychczasowych uzgodnień przewidziana została realizacja następujących programów współpracy transgranicznej z udziałem Polski:

• Polska (Województwo Zachodniopomorskie) - Niemcy (Meklemburgia/Pomorze Przednie - Brandenburgia) 
• Polska (Województwo Lubuskie) - Niemcy (Brandenburgia)
• Polska - Saksonia
• Polska - Republika Czeska 
• Polska - Republika Słowacka
• Polska - Republika Litewska
• Południowy Bałtyk (Polska - Szwecja - Dania - Litwa - Niemcy)

Polska będzie zarządzała 3 programami:
• Południowy Bałtyk (Polska - Szwecja - Dania - Litwa - Niemcy)
• Polska (Województwo Lubuskie) - Niemcy (Brandenburgia)
• Polska - Republika Słowacka

Potencjalni beneficjenci programów współpracy transgranicznej to przede wszystkim:

• jednostki samorządu terytorialnego wszystkich szczebli,
• podmioty i jednostki organizacyjne powoływane lub tworzone przez państwo, wojewodów lub jst w celu świadczenia usług publicznych,
• pozarządowe organizacje non-profit,
• izby: gospodarcze, handlowe i rzemieślnicze,
• szkoły wyższe,
• instytucje publiczne prowadzące działalność edukacyjną, badawczą,
• instytucje kultury,
• kościoły i związki wyznaniowe,
• euroregiony.