Biuro Zarządzania Funduszami Europejskimi powołane zostało zarządzeniem Wojewody Pomorskiego nr 1/2004 z dnia 5 stycznia 2004 r. Biuro realizuje zadania prowadzone uprzednio przez Wydział Rozwoju Regionalnego, byłe Biuro Integracji Europejskiej, a także od 2004 r., nowe czynności wynikające z zadań Wojewody jako Instytucji Pośredniczącej we wdrażaniu Zintegrowanego Programu Operacyjnego Rozwoju Regionalnego oraz Inicjatywy Wspólnotowej Interreg III. Biuro pełni jednocześnie funkcję sekretariatu Pomorskiego Komitetu Monitorującego Programy Rozwoju Regionalnego. W strukturze organizacyjnej biura istnieją cztery oddziały: Oddział Realizacji i Kontroli Projektów, Oddział Monitorowania i Raportowania, Oddział Weryfikacji i Potwierdzania Płatności, Oddział Kontraktu Wojewódzkiego. W skład biura wchodzi także samodzielne stanowisko pracy ds. informacji i promocji ZPORR, samodzielne stanowisko pracy ds. Pomocy Technicznej ZPORR oraz samodzielne stanowisko pracy ds. obsługi prawnej.

Do zadań Biura Zarządzania Funduszami Europejskimi należy w szczególności :

1) Wykonywanie czynności wynikających z zadań Wojewody jako jednostki pośredniczącej
w zarządzaniu Zintegrowanym Programem Operacyjnym Rozwoju Regionalnego (ZPORR),
a w szczególności:

a)       przygotowywanie i przedkładanie do podpisu Wojewodzie umów o dofinansowanie projektów,

b)       prowadzenie bieżącego monitoringu realizacji projektów w województwie pomorskim,

c)       sporządzanie raportów z wdrażania komponentu wojewódzkiego ZPORR,

d)       weryfikacja dokumentów finansowych przedłożonych przez beneficjentów końcowych oraz potwierdzanie kwalifikowalności wydatków,

e)       autoryzowanie zestawienia wydatków w komponencie wojewódzkim ZPORR,

f)         przygotowywanie prognozy wydatków w komponencie wojewódzkim ZPORR,

g)       przeprowadzanie wizytacji projektów na miejscu,

h)       obsługiwanie informatycznego systemy monitorowania (SIMIK),

i)         pełnienie funkcji sekretariatu Pomorskiego Komitetu Monitorującego Programy Rozwoju Regionalnego,

j)         współpraca z Urzędem Marszałkowskim województwa pomorskiego oraz innymi instytucjami zaangażowanymi we wdrażanie ZPORR w zakresie informacji i promocji,

k)       merytoryczny nadzór nad planowaniem i wydatkowaniem środków Unii Europejskiej w związku z realizacją projektów Pomocy Technicznej w ramach Zintegrowanego Programu Operacyjnego Rozwoju Regionalnego,

2) wykonywanie zadań określonych w ustawie o Narodowym Planie Rozwoju oraz odpowiednich aktach wykonawczych w zakresie realizacji kontraktu wojewódzkiego, a w szczególności:

a)       przygotowywanie umów o dofinansowanie,

b)       weryfikacja wniosków o płatność,

c)       monitorowanie kontraktu,

d)       sporządzanie sprawozdań z realizacji kontraktu,

3) wykonywanie zadań wynikających z kompetencji Wojewody w zakresie wdrażania programów Phare 2002 i Phare 2003 Spójność Społeczna i Gospodarcza,

4) wykonywanie czynności wynikających z zadań Wojewody w zakresie wdrażania inicjatywy wspólnotowej Interreg III,

5) wykonywanie czynności wynikających z zadań Wojewody w zakresie współpracy ze Stowarzyszeniem Gmin Polskich Euroregionu Bałtyk.

Bezpośrednio w obsługę ZPORR zaangażowane są trzy oddziały działające w ramach BZFE. Część zadań związanych z obsługą funduszy strukturalnych znajduje się w Wydziale Finansów i Budżetu Pomorskiego Urzędu Wojewódzkiego.